MACE, một Cơ sở dữ liệu truy cập mở về phổ khối tác động của electron của các sản phẩm tự nhiên - Tin chuyên môn & NCKH - Khoa Dược

18/01/2025 09:25:08 AM

Tin chuyên môn & NCKH

MACE, một Cơ sở dữ liệu truy cập mở về phổ khối tác động của electron của các sản phẩm tự nhiên

Sắc ký khí/phổ khối được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực nghiên cứu sản phẩm tự nhiên, chẳng hạn như sinh hóa học, khoa học thực phẩm, nghiên cứu mùi, tổng hợp sinh học, chuyển hóa học và các lĩnh vực khác. Phổ khối ion hóa cứng tác động electron (EI) được sử dụng rất giàu thông tin về cấu trúc do sự phân mảnh phá vỡ liên kết C–C rộng rãi và hình dạng đặc trưng của hợp chất. Độ nhạy cao khiến GC/MS trở thành phương pháp phân tích được ưa chuộng để phân tích lipid dễ bay hơi hoặc không phân cực và các dẫn xuất của chúng, đặc biệt là khi chỉ có một lượng nhỏ chất phân tích. Mặc dù các thư viện phổ, chẳng hạn như cơ sở dữ liệu NIST23 chứa phổ của khoảng 350.000 hợp chất khác nhau và các cơ sở dữ liệu chuyên biệt hơn có sẵn trên thị trường, nhưng vẫn còn thiếu phổ trong các lĩnh vực này. Tuy nhiên, hàng năm, hàng chục phổ khối EI được công bố dưới dạng hình ảnh, nhưng không ở định dạng có thể đọc được bằng máy tính và do đó vẫn ẩn ở đâu đó trong các tài liệu khoa học đồ sộ.

Để lấp đầy khoảng trống này, chúng tôi đã tạo ra cơ sở dữ liệu phổ khối mở MACE, Phổ khối cho Sinh thái hóa học. MACE thu thập phổ khối theo định dạng có thể đọc được bằng máy tính và các chỉ số lưu giữ sắc ký khí do các nhóm nghiên cứu đóng góp và xuất bản chúng dưới dạng cơ sở dữ liệu phổ có thể tải xuống miễn phí trên trang web của mình ( http://www.oc.tu-bs.de/schulz/html/MACE.html ). Các phổ được thu thập và phân phối theo định dạng NIST vì nó cho phép phân phối dễ dàng qua các tệp văn bản. Một mô tả chi tiết về MACE đã được xuất bản(1)và cũng có sẵn trên trang web MACE. MACE tuân theo các nguyên tắc FAIR để phân phối dữ liệu. Chúng tôi hiện đã xuất bản bản phát hành thứ sáu ( https://doi.org/10.24355/dbbs.084-202410280617-0 ), chứa hơn 400 hợp chất thuộc nhiều loại khác nhau, bao gồm pheromone, chất dễ bay hơi từ hoa, ancaloit, terpen, lipid, hợp chất thơm, v.v. Một thư viện nhỏ về quang phổ Orbitrap, khác với quang phổ EI, cũng đã được xuất bản. Tất cả các mục nhập đều được kiểm tra tính chính xác bằng cách tham chiếu đến ấn phẩm gốc để đảm bảo các tiêu chuẩn chất lượng cao. Chỉ các hợp chất không có trong cơ sở dữ liệu NIST17 mới được đưa vào, vì MACE đóng vai trò là cơ sở dữ liệu bổ sung. Mỗi bản phát hành đều có mã định danh doi cố định và có thể được tìm thấy trên máy chủ dữ liệu Leopard của TU Braunschweig. MACE hiện bao gồm các đóng góp từ 16 phòng thí nghiệm nghiên cứu và công nghiệp và quang phổ được số hóa từ các tài liệu khoa học lần đầu tiên. Để chuyển đổi các hình ảnh quang phổ đã xuất bản thành các định dạng có thể đọc và tìm kiếm được trên máy tính, chúng tôi sử dụng số hóa. Tệp MACE gốc có thể được tải xuống ở định dạng văn bản để tích hợp vào hệ thống MS của người dùng. Chúng tôi cũng cung cấp hai cài đặt thư viện hoàn chỉnh, một cho Shimadzu và một cho MSSearch của NIST. Cài đặt sau bao gồm các cấu trúc không thể được cung cấp cùng với tệp văn bản.

Trong bản phát hành hiện tại, chúng tôi đã triển khai những thứ mới như cấu trúc hợp chất, số hóa phổ và thư viện đầy đủ Shimadzu và NIST. Chúng tôi cũng cải thiện trang web MACE để khi nhấp vào cấu trúc, phổ khối của cấu trúc đó sẽ hiển thị.

Nguồn: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jnatprod.4c01240?articleRef=test

Schulz, Stefan, and Anton Möllerke. "MACE, an Open Access Database of Electron Impact Mass Spectra of Natural Products." Journal of Natural Products 87.11 (2024): 2567-2567.

Người dịch: Nguyễn Thị Thúy An

Người duyệt: Nguyễn Thị Thùy Trang

» Tin mới nhất:

FDA phê duyệt ADC mới cho ung thư vú HR+, HER2- (18/01/2025)

» Các tin khác:

Kết quả so sánh của Empagliflozin với Dapagliflozin ở bệnh nhân suy tim (18/01/2025)
Đi bộ nhiều bước hơn mỗi ngày có giúp tránh trầm cảm? (18/01/2025)
HAI CÂY THUỐC GIẢI BIỂU HỌ HOA MÔI (LAMIACEAE) (18/01/2025)
Sự phức tạp của chế độ điều trị ở người lớn tuổi mắc bệnh ung thư: Các yếu tố liên quan (18/01/2025)
Dược liệu có tiềm năng chiết xuất Rutin tại Việt Nam (phần 2) (17/01/2025)
Kết quả và kết luận về Nghiên cứu sơ bộ bào chế phân phối thuốc Dexamethasone nhắm mục tiêu đến ruột già (17/01/2025)
Bổ sung vitamin B6, B12 liều cao kéo dài có thể làm tăng nguy cơ gãy xương hông (17/01/2025)
Viêm gan B (16/01/2025)
Tiêm chủng chống lại HPV (16/01/2025)
U.S. FDA đề xuất quy định yêu cầu các phương pháp thử nghiệm chuẩn hóa để phát hiện và xác định amiăng trong các sản phẩm mỹ phẩm có chứa bột talc (14/01/2025)