Cơ sở dữ liệu về các hợp chất tự nhiên (NPs) có mục đích thương mại (bán dữ liệu, quyền truy cập hoặc giấy phép, và nói chung) khá đắt, ngay cả khi sử dụng cho mục đích học thuật (từ 6600 đô la Mỹ mỗi năm đối với Dictionary of Natural Products đến hơn 40.000 đô la Mỹ đối với Reaxys và SciFinder.

The Chemical Abstracts Service (CAS) ra mắt SciFinder vào năm 1995, một cơ sở dữ liệu thông tin hóa học được quản lý, được biên soạn và duy trì bởi Hiệp hội Hóa học Hoa Kỳ. Ban đầu có sẵn dưới dạng phần mềm dành cho máy tính để bàn, phiên bản web của SciFinder có sẵn từ năm 2008. Vì CAS chỉ định một số đăng ký duy nhất cho mỗi chất hóa học được mô tả trong tài liệu khoa học từ năm 1957, SciFinder chứa một, bộ sưu tập lớn nhất của hóa chất, bao gồm NPs. Người ta ước tính rằng số lượng NP trong SciFinder là hơn 300.000 chất.

Reaxys là một cơ sở dữ liệu cho các chất, phản ứng và tài liệu được biên soạn và duy trì bởi Elsevier. Nó chứa tổng cộng hơn 10⁷ hợp chất, hơn 200.000 trong số đó là NP.

The Dictionary of Natural products (DNP) [ 25 ] và các tiểu mục nhỏ của nó Dictionary of Marine Natural Products (DNMP) và Dictionary of Food Compounds, được coi là tài nguyên đầy đủ nhất và tốt nhất quản lý cho NP.

NaprAlert được tạo ra bởi các nhà nghiên cứu tại Đại học Chicago và chứa thông tin được sắp xếp theo cách thủ công về các NP từ tài liệu với siêu dữ liệu phong phú. Ngày nay cung cấp những người tìm kiếm miễn phí có giới hạn trong các điều kiện dành cho các nhà nghiên cứu hàn lâm.

National Institute of Standards and Technology-NIST là một trong những cơ sở dữ liệu tham chiếu tiêu chuẩn cho dữ liệu khối phổ (MS) và được phát triển và duy trì tại Viện Y tế Quốc gia (NIH) ở Hoa Kỳ. Thư viện chính chứa hơn 250.000 phân tử có nguồn gốc tự nhiên (sự phân tách giữa các chất chuyển hóa chính và NP không được đánh dấu rõ ràng) và chỉ có thể mua được trên đĩa compact.

MarinLit là một cơ sở dữ liệu về các NP có nguồn gốc từ biển dựa trên các đánh giá tài liệu và chứa dữ liệu được kiểm duyệt cao được thu thập từ những năm 1970 tại Đại học Canterbury, New Zealand, và đã được Hiệp hội Hóa học Hoàng gia duy trì trong vài năm ( RSC).

AntiBase là một cơ sở dữ liệu toàn diện của hơn 40.000 NP từ vi sinh vật và nấm bậc cao với siêu dữ liệu rất phong phú được thu thập từ các tài liệu và được xác nhận thủ công. Nó không được cập nhật kể từ năm 2014 và chỉ có sẵn để mua trên trang web của Wiley.

eBasis (Các chất có hoạt tính sinh học trong hệ thống thông tin thực phẩm) là một bộ sưu tập trực tuyến, được quản lý thủ công, gồm 267 loại thực phẩm và 794 hợp chất hoạt trong thực phẩm. Cơ sở dữ liệu cung cấp siêu dữ liệu phong phú và chất lượng cao về các hoạt động và cấu trúc của NP thực phẩm và quyền truy cập miễn phí hạn chế cho các nhà khoa học để thử tài nguyên.

Một số các hệ thống khác của các quốc gia, cung cấp dữ liệu về NP từ các thực vật của quốc gia đó, ví dụ Natural Product Discovery System (NADI) chứa hơn 3000 hợp chất tự nhiên từ hơn 15.000 loài thực vật Malaysia, ChemTCM là một cơ sở dữ liệu về NPs từ thực vật được sử dụng trong y học thảo dược cổ truyền Trung Quốc.

Nguồn: https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-020-00424-9

Sorokina, Maria, and Christoph Steinbeck. "Review on natural products databases: where to find data in 2020." Journal of cheminformatics 12.1 (2020): 1-51.

Người dịch: Nguyễn Thị Thúy An

Người duyệt: Nguyễn Thị Thùy Trang