Nghiên cứu động lực học phân tử của MJ-33 và thiết kế dẫn xuất theo hướng chống ung thư qua cơ chế ức chế cKit kinase
Với tỷ lệ tử vong cao, ung thư vẫn là một gánh nặng đối với xã hội, do đó việc phát triển các phương pháp điều trị chống ung thư là cần thiết. Tại phòng thí nghiệm của China Medical University, một hợp chất quinazolinone (MJ-33) đã được tổng hợp và cho thấy hiệu quả ức chế đối với một số loại tế bào ung thư. Tuy nhiên, mục tiêu sinh học trực tiếp của nó chưa được làm rõ. Nhóm đã thực hiện nghiên cứu này nhằm mục đích điều tra các mục tiêu phân tử có thể của MJ-33 mang lại hoạt tính sinh học chống ung thư.
Bằng phương pháp mô phỏng và tính toán động lực học phân tử, nhóm đã thực hiện một quy trình sàng lọc in silico 2 bước, sử dụng docking phân tử và mô phỏng Động học phân tử (MD) để xác định các mục tiêu có độ gắn kết cao nhất và ổn định nhất của MJ-33. Mô phỏng MD trong 100 ns được thực hiện để xác định tương tác giữa phân tử và thông tin cấu trúc của các phức hợp gắn kết ligand-protein.
Kết quả cho thấy MJ-33 có độ liên kết mạnh với kinase cKit. Trong suốt quá trình mô phỏng, phức hợp MJ33-cKit duy trì ổn định và không phát hiện thấy sự thay đổi cấu trúc lớn của protein. Ngoài ra, một dẫn xuất của MJ-33 (C93) được đề xuất là một chất ức chế cKit tiềm năng. C93 có thể tạo thành một phức hợp với kinase cKit với nhiều cải tiến về sự ổn định của phức hợp và tương tác giữa phân tử, so với MJ-33.
Từ dữ liệu thu được, nhóm nghiên cứu đã đưa ra các kết luận với gợi ý rằng kinase cKit có thể là mục tiêu sinh học trực tiếp của MJ-33. Dựa trên thông tin cấu trúc của phức hợp MJ33-cKit và kết cấu của MJ-33, một thiết kế thuốc hợp lý được thực hiện để đề xuất một chất ức chế cKit có thể được tổng hợp và triển khai các nghiên cứu tiếp theo trong tương lai.
Người soạn bài: Hà Hải Anh