Sự suy giảm chức năng các cơ quan thải trừ thuốc, đặc biệt là chức năng gan, thận có ảnh hưởng rất lớn đến độ nghiêm trọng của tương tác thuốc.

           Ví dụ: Những thuốc có độc tính cao trên thận như kháng sinh aminoglycosid, amphotericin B nếu sử dụng ở bệnh nhân suy thận thì nguy cơ độc tính trên thận tăng. Đặc biệt nếu phối hợp các thuốc có cùng độc tính trên thận thì tai biến suy thận sẽ càng trầm trọng thêm. Hay trên những đối tượng mắc bệnh gan, nồng độ albumin trong huyết tương giảm, đây là nguyên nhân gây ra tương tác do cạnh tranh liên kết với protein huyết tương. Ngoài ra, sự giảm chuyển hóa ở bệnh nhân suy gan sẽ làm tăng nồng độ thuốc trong máu, tăng tích lũy thuốc. Nguy cơ xảy ra tương tác thuốc sẽ dễ gặp nếu phối hợp các thuốc có tỷ lệ liên kết với protein cao, ví dụ phối hợp với aspirin với methotrexat, sử dụng một thuốc chống viêm không steroid trên bệnh nhân đang dùng warfarin.

          Những tương tác bất lợi nói trên có thể tránh được bằng cách thay đổi liều dùng của thuốc hoặc chọn thuốc không thải trừ qua cơ quan có chức năng suy giảm.

          Như vậy chức năng gan thận là một trong những yếu tố cần phải lưu ý khi để tránh tương tác thuốc bất lợi.