Để giảm thiểu tương tác bất lợi trong sử dụng thuốc có rất nhiều biện pháp khác nhau, nhưng lựa chọn thuốc phù hợp là một trong những biện pháp đầu tiên phải được kể đến.

Trên thực tế, do tính phức tạp của quá trình bệnh lý, như bệnh đang điều trị + bệnh kèm..nên việc bệnh nhân được kê đồng thời nhiều thuốc là khó tránh khỏi. Trong quá trình điều trị, người kê đơn luôn phải cân nhắc giữa nguy cơ/lợi ích khi lựa chọn một thuốc nào đó. Cùng một nhóm dược lý nhưng có thuốc gây nhiều tương tác, thuốc khác lại không ảnh hưởng. Thuốc có nguy cơ gây tương tác bất lợi với thuốc khác trong đơn chỉ được sử dụng khi cần thiết, không thể thay thế được và phải có những chỉ dẫn rõ ràng, cụ thể của bác sĩ về liều lượng, đường dùng, thời gian dùng.

Ví dụ: Khi kê đơn điều trị loét dạ dày - tá tràng, nhóm thuốc gây nhiều tương tác nhất là các thuốc kháng acid. Do đó hạn chế việc kê đơn đồng thời các chất kháng acid với các thuốc khác. Cùng là khangsinh nhóm floroquinolon nhung ofloxacin không gây tương tác trên chuyển hóa ở gan qua hệ cyt P450 trong khi enoxacin hoặc ciprofloxacin lại gây kìm hãm cytP450 mạnh.

Như vậy nếu cần sử dụng nhiều thuốc thì nên chọn thuốc không gây tương tác hoặc mức độ tuong tác ít không ảnh hưởng đến việc điều trị. Trong trường hợp phải dùng thì phải chú ý giờ dung thuốc (nếu tương tác xảy ra ở giai đoạn hấp thu) hoặc hiệu chỉnh lại liều (khi nồng độ thuốc phối hợp bị ảnh hưởng).