Theo dõi điều trị là một khâu rất quan trọng trong quá trình điều trị cho bệnh nhân. Việc xác định vấn đề hiện tại hoặc vấn đề tiềm tàng có thể ảnh hưởng đến kết quả điều trị . Bệnh nhân cần được dược sĩ cung cấp thông tin về nguy cơ khi không chấp hành lịch dùng thuốc, tự ý bỏ trị, tự ý dùng thêm thuốc...điều này làm tăng khả năng tuân thủ điều trị, giảm nguy cơ gặp tương tác. Một số việc cần làm liên quan đến theo dõi điều trị :

- Ghi lại diễn biến điều trị: Tóm tắt thuốc điều trị hằng ngày, kết quả xét nghiệm, diễn biến lâm sàng

- Tổng kết các vấn đề liên quan đến thuốc: Chỉ định, chọn thuốc thích hợp. liều lượng, tương tác thuốc, thuốc trùng lặp, ADR,....

- Xử trí: Phân tích các vấn đề liên quan đến thuốc, đề nghị thuốc thay thế, thảo luận với bác sĩ các tình huống liên quan đến thuốc điều trị, giải thích cho bệnh nhân những việc cần làm trong điều trị