Khi có các vi sinh vật xâm nhập, các đại thực bào và các tế bào khác đáp ứng lại bằng cách chế tiết ra các protein được gọi là các cytokine có tác dụng tham gia nhiều vào sự tương quan giữa các tế bào với nhau trong đáp ứng miễn dịch bẩm sinh. Các cytokine là các protein hòa tan tham gia vào các phản ứng miễn dịch và phản ứng viêm. Các cytokine đóng vai trò truyền tin qua lại giữa các bạch cầu với nhau và giữa các bạch cầu với các tế bào khác. Hầu hết các cytokine đã được xác định về phương diện phân tử thì theo quy ước chung được gọi là các interleukin để phản ánh nguồn gốc các phân tử là từ các bạch cầu và tác dụng cũng lên các bạch cầu.

Tuy nhiên định nghĩa này trở nên quá hạn hẹp vì thực tế có rất nhiều cytokine được tạo ra bởi nhiều loại tế bào khác và cũng có tác động lên nhiều loại tế bào khác không chỉ riêng bạch cầu, hơn nữa có nhiều cytokine đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn trên nhưng lại được gọi với tên gọi khác do các yếu tố lịch sử vào thời điểm đặt tên chúng.

Trong miễn dịch bẩm sinh thì các cytokine chủ yếu được tạo ra bởi các đại thực bào hoạt hóa khi chúng nhận diện các vi sinh vật. Ví dụ như khi các lypopolysaccarit bám vào các thụ thể của chúng trên bề mặt các đại thực bào sẽ kích thích rất mạnh đại thực bào tiết ra các cytokine. Các vi khuẩn cũng kích thích đại thực bào tiết chế các cytokine khi chúng bám vào các thụ thể đặc hiệu dành cho chúng trên bề mặt đại thực bào. Rất nhiều trong số các thụ thể này là các thụ thể thuộc họ thụ thể giống Toll. Các cytokine cũng được tạo ra trong đáp ứng miễn dịch trung gian tế bào, trong đó thì các cytokine lại chủ yếu được tạo ra bởi các tế bào lympho T hỗ trợ.